La Batllia, reconnue comme sous-comté de la Cerdagne, trouve son origine dans l'ancien pagus de Talló, qui remonte au IXe siècle. Stratégiquement située à la frontière entre les comtés de Cerdagne et d'Urgell, Bellver de Cerdagne s'est imposée comme une importante enclave défensive, avec un château qui surveillait les principales voies de communication de la région.
Son développement en tant que ville a commencé en 1225, lorsque Jacques Ier d'Aragon lui a accordé un droit de cité et a fait passer par Bellver le chemin royal qui reliait la Seu d'Urgell à Puigcerdà. Des murailles et des tours de défense ont été construites et les habitants ont obtenu des privilèges qui ont été étendus par les monarques ultérieurs.
En raison de sa proximité avec la frontière française, Bellver a subi de nombreuses attaques de la part des troupes françaises entre le XVe et le XVIIIe siècle, et a été occupée à plusieurs reprises.
La ville a également été le théâtre d'intenses conflits internes. Au cours des XVIe et XVIIe siècles, les luttes entre nyerros et cadells, factions qui divisaient la noblesse catalane, ont marqué l'histoire de la localité. La Tour Cadell, une ancienne ferme fortifiée, témoigne encore de ces affrontements. Le château d'origine a été détruit en 1665 après l'explosion de sa poudrière.
Au XIXe siècle, le poète romantique Gustavo Adolfo Bécquer séjourna quelques mois dans une auberge de Bellver, où il s'inspira des paysages et des légendes locales pour écrire sa célèbre œuvre La cruz del diablo (La croix du diable).
Pendant la guerre civile, en 1937, Bellver a vécu un épisode qui fait encore partie de sa mémoire collective : des jeunes du village ont abattu un chef anarchiste depuis un point élevé de la commune.