La Batllia, reconocida como subcomarca de la Cerdanya, tiene sus orígenes en el antiguo pagus de Talló, que data del siglo IX. Estratégicamente ubicada en la frontera entre los condados de Cerdanya y Urgell, Bellver de Cerdanya surgió como un importante enclave defensivo, con un castillo que vigilaba las principales rutas de comunicación de la zona.
Su desarrollo como villa comenzó en 1225, cuando Jaime I le concedió la carta de población e hizo pasar por Bellver el camino real que unía la Seu d'Urgell con Puigcerdà. Se levantaron murallas y torres defensivas, y los habitantes recibieron privilegios que fueron ampliados por los monarcas posteriores.
Por su proximidad a la frontera con Francia, Bellver sufrió numerosos ataques de tropas francesas entre los siglos XV y XVIII, llegando a ser ocupada en varias ocasiones.
La villa también fue escenario de intensos conflictos internos. Durante los siglos XVI y XVII, las luchas entre nyerros y cadells, facciones que dividían a la nobleza catalana, marcaron la historia del lugar. Aún se conserva la Torre de Cadell, una antigua masía fortificada, testigo de aquellos enfrentamientos. El castillo original fue destruido en 1665 tras la explosión de su polvorín.
En el siglo XIX, el poeta romántico Gustavo Adolfo Bécquer se alojó durante unos meses en una fonda de Bellver, donde se inspiró en sus paisajes y leyendas locales para escribir su célebre obra La cruz del diablo.
Durante la Guerra Civil, en 1937, Bellver vivió un episodio que aún forma parte de su memoria colectiva: unos jóvenes del pueblo abatieron a un caudillo anarquista disparando desde un punto elevado del municipio.