La Batllia, reconeguda com a subcomarca de la Cerdanya, té els seus orígens a l'antic pagus de Talló, que data del segle IX. Estratègicament ubicada a la frontera entre els comtats de Cerdanya i Urgell, Bellver de Cerdanya va sorgir com un important enclavament defensiu, amb un castell que vigilava les principals rutes de comunicació de la zona.
El seu desenvolupament com a vila va començar el 1225, quan Jaume I li va concedir la carta de població i va fer passar per Bellver el camí ral que unia la Seu d'Urgell amb Puigcerdà. Es van aixecar muralles i torres defensives, i els habitants van rebre privilegis que van ser ampliats pels monarques posteriors.
Per la seva proximitat a la frontera amb França, Bellver va patir nombrosos atacs de tropes franceses entre els segles XV i XVIII, arribant a ser ocupada diverses vegades.
La vila també va ser escenari de conflictes interns intensos. Durant els segles XVI i XVII, les lluites entre nyerros i cadells, faccions que dividien la noblesa catalana, van marcar la història del lloc. Encara es conserva la Torre de Cadell, un antic mas fortificat, testimoni d'aquells enfrontaments. El castell original va ser destruït el 1665 després de l'explosió del seu polvorí.
Al segle XIX, el poeta romàntic Gustavo Adolfo Bécquer es va allotjar durant uns mesos en una fonda de Bellver, on es va inspirar en els seus paisatges i llegendes locals per escriure la seva cèlebre obra La cruz del diablo.
Durant la Guerra Civil, el 1937, Bellver va viure un episodi que encara forma part de la seva memòria col·lectiva: uns joves del poble van abatre un cabdill anarquista disparant des d'un punt elevat del municipi.